La bureaucratie aura-t-elle tué la Covid-19 ?

Éditorial de la 500ème

La deuxième vague est là. Le Premier Ministre, Jean Castex, a été clair lundi au micro de France Info en appelant les Français à ne pas se relâcher et à se mobiliser pour faire face à ce regain d’épidémie. « Nous sommes dans une deuxième vague forte » a-t-il asséné. Qu’en est-il vraiment ?

À en lire les gros titres de la presse, les chiffres sont alarmants et les experts nombreux pour les commenter. Lorsque l’on veut décrypter ces annonces en analysant les chiffres dont nous disposons, il faut consulter les bases nationales qui recoupent plusieurs jeux de données. Et le casse-tête commence.

Les données sont en libre-accès mais il faut s’armer de patience pour percer leurs secrets méthodologiques et comprendre leur signification. C’est le flou le plus complet… D’autant que les données doivent être consolidées quand la base n’est accidentellement plus alimentée au fil de l’eau. Pour le grand public, impossible de faire une courbe simple qui ait du sens.

Car, en réalité, les données statistiques ne sont pas supposées fournir un constat en temps réel. La statistique classique ne peut souffrir l’immédiateté : habituellement, la donnée brute est agrégée au travers de différents cubes de données afin de la rendre lisible. C’est un travail fastidieux qui nécessite une réflexion méthodologique et un discernement humain. Une donnée brute ne veut rien dire en soi; c’est son agrégation à d’autres qui la rend signifiante. 

Ce n’est que récemment qu’on inflige à la statistique publique la nécessité de rendre des comptes sur le champ. D’être à la fois exhaustive et immédiate. Et ce n’est pas avec les jeux de données habituels (Sniiram, Atih, etc.); il s’agit bien de la création de systèmes d’information ad hoc.

Le Système d’information pour le suivi des victimes d’attentats et de situations sanitaires exceptionnelles (SI-VIC), mis en place peu après les attentats de 2015, entre en scène à partir du 14 mars, date à laquelle la France entre en stade 3 de l’épidémie. Il permet d’être la référence pour établir les décomptes quotidiens. Les autres indicateurs sont ajoutés pour affiner les bilans quotidiens.

Peu après, à partir du 12 mai, le SI-DEP supplante le SI-VIC pour les données virologiques. Il s’agit d’un autre système d’information, provisoire, alimenté par les laboratoires de biologie en ville et les hôpitaux qui enregistrent uniquement les résultats des tests PCR.

Ces deux indicateurs sont agrégés sur le site d’open data, data.gouv.fr, ou cartographiées sur le site Géodes, avec d’autres données, notamment celles relatives aux décès Covid-19, du Centre d’épidémiologie sur les causes médicales de Décès (CépiDc).

Il s’agit des principales bases permettant de dresser des bilans quotidiens. Mais il en existe bien d’autres : la base OSCOUR pour les passages aux urgences, les informations transmises en routine par SOS Médecins, par le Réseau Sentinelle, les données de l’enquête CoviPrev qui recense les comportements et la santé mentale en population générale, etc. (voir à cet effet la note de Santé publique France). Bref, on ne sait plus où donner de la tête.

Bien entendu, ces données ne sont pas parfaites. Une limite méthodologique de la base SI-DEP a été relevée par Nicolas Berrod pour Le Parisien : le vacancier infecté qui se fait dépister est comptabilisé sur son lieu de résidence principal et non sur le lieu de test… « les personnes en vacances hors de leur département et qui acquièrent l’infection dans leur lieu de vacances sont comptabilisées dans la base SI-DEP selon leur commune de résidence habituelle » précise Santé Publique France. Logique.

Sur la base SI-VIC,  les décès survenus à l’hôpital sont décomptés, mais pas ceux survenus à domicile ou en maison de retraite. Ils sont ajoutés a posteriori.

Autre point qui complique la modélisation de l’évolution de l’épidémie dans le temps : la méthodologie qui a évolué depuis l’émergence de la Covid en France. Initialement, l’indicateur retenu pour le zonage d’alerte était le taux de passage aux urgences pour suspicion de Covid-19 à partir du nombre d’hospitalisations liées au Covid et de « cas graves » admis en service de réanimation ou en soins intensifs. L’objectif était de mesurer la tension sur les lits de réanimation. Puis, a été introduit le taux de circulation effectif du virus, c’est-à-dire le nombre moyen de personnes contaminées par une personne infectée. Le fameux R0 : en-dessous de 1, l’épidémie recule et au-dessus, elle progresse. Avec le dépistage massif, on a ajouté comme indicateur le taux de positivité, c’est-à-dire le nombre de tests positifs par rapport aux tests globaux. Un quatrième indicateur a été proposé : le  taux d’incidence, c’est-à-dire le nombre de tests PCR positifs pour 100 000 habitants. (voir la méthodologie des indicateurs sur le site officiel).

Là, on ne sait plus sur quel pied danser…

Initialement, étaient ainsi annoncés par Jérôme Salomon, le directeur général de la santé, deux indicateurs : le nombre de personnes testées et le nombre de décès parmi les personnes testées. Si l’on suit ces indicateurs, la deuxième vague n’est pas vraiment là… La consolidation des systèmes d’information et la politique massive de dépistage ont fait exploser les courbes des personnes positives. Plus on cherche, plus on trouve. Mais le nombre de décès reste stable et sans commune mesure aujourd’hui avec les chiffres de mars-avril. C’est le taux de létalité, le nombre de morts rapporté au nombre de personnes infectées, en revanche, qui diminue. Plus il y a de cas détectés, moins le taux de létalité par cas est élevé.

 

Aujourd’hui désormais, la méthodologie du zonage d’alerte, qui classe les territoires en trois catégories (« alerte », « alerte renforcée » et « alerte maximale »), repose sur 3 indicateurs : le taux d’incidence général, c’est-à-dire le nombre de nouveaux cas positifs pour 100 000 habitants sur sept jours glissants, le taux d’incidence chez les personnes âgées, soit le nombre de cas pour 100 000 habitants chez les plus de 65 ans, toujours sur sept jours glissants, et taux moyen d’occupation des lits de réanimation par des patients atteints de COVID-19, par rapport à la capacité initiale de lits en réanimation (selon l’enquête SAE de 2018). Sauf que les classes d’âge des données publiques publiées par Santé Publique France ne sont pas celles retenues par le Ministère de la Santé… Pour Ségur, le taux d’incidence est calculé pour les plus de 65 ans alors que le découpage des classes d’âge des statistiques publiques est donné pour les plus de 60 ans…

 

Au final, dans ce fatras de données, il est illusoire de chercher à trouver des données lissées depuis janvier. On ne peut comparer la situation actuelle avec celle de la première vague car les outils de collecte sont différents et l’emballement de la stratégie de dépistage réduit considérablement l’écart entre le nombre de cas diagnostiqués et celui des cas réels; en mars-avril, le nombre de cas détectés était largement sous-estimé et bien inférieur à la réalité.

Les cas identifiés aujourd’hui par le dépistage massif révèlent une contamination d’une forte proportion de personnes jeunes, en bonne santé, peu ou pas symptomatiques (environ 50%, selon Santé Publique France). Cette proportion était absente des écrans radars avant la première vague car les dépistages étaient focalisés sur les malades symptomatiques. Ce qui fait craindre la deuxième vague aux experts, c’est lorsque cette forte positivité au sein des jeunes populations franchit les générations et touche les sujets plus vulnérables qui seront immanquablement contaminés.  Une prédiction épidémiologique qui laisse présager donc que la circulation active du virus ces derniers jours fasse augmenter de manière exponentielle les hospitalisations des personnes âgées ou à risque et donc saturer les lits en réanimation des hôpitaux.

Du coup, Emmanuel Macron fait trinquer les jeunes avec son couvre-feu. Une décision que l’on n’avait pas connue depuis la Guerre d’Algérie ou la France occupée…

La deuxième vague est donc artificielle. Si l’on s’en tient aux morts par Covid qu’annonçait Jérôme Salomon au printemps, on en comptait 104 hier alors qu’on en recensait 1438 au plus fort le 15 avril. Malgré ces chiffres et le fait qu’on annonce depuis des mois le « rebond épidémique », l’hôpital craint d’être saturé.

Et si cette deuxième vague médiatique servait finalement l’État pour masquer son incompétence à réformer l’hôpital ?

Crédits photos : Frédéric BISSON.

À propos Vincent Fromentin

Blogueur santé et directeur de publication de La Lettre de Galilée.Voir tous ses articles.